Александрийска патриаршия
До Халкидонския събор християните в Египет били обединени в една патриаршия. Христологичните спорове, възникнали след Халкидон, довели до разкол в Египет: болшинството, предимно копти, отхвърлили решението на събора, а малцинството, предимно гръцки войници, търговци и императорски чиновници в региона приели Халкидонските решения. Към 7 век в Египет живеели около 17-18 милиона копти и около 200 000 гърци. В началото и двете групи служили по древната александрийска литургия, но впоследствие в гръцката Патриаршия усвоили византийската св. Литургия и през 12 век александрийският обряд окончателно изчезнал.
След арабското завоюване на Египет през 642 г. и изтеглянето на византийските войски, останалите там гърци често били подлагани на гонение. Положението на православните станало още по-тежко след завоюването на Египет от турците през 16 век. Тогава гръцките патриарси на Александрия се прибрали в Константинопол и често били назначавани от Вселенския патриарх. Пряката намеса на Вселенската патриаршия в управлението на Александрийската църква приключва през 1858 г. след смъртта на Йеротей I.
Патриарх Мелетий II (1926-1935) създал правила за самоуправление на патриаршията, които предложил за одобрение на египетското правителство. Според тях, Александрийската патриаршия е независима и се защитава от египетската държава. Така Мелетий станал първият православен патриарх, признат с кралски декрет. По това време Египет вече не бил в състава на Османската империя. Патриарх Мелетий основал Свето-Атанасиевската семинария, реорганизирал църковните съдилища и разпрострял юрисдикцията на Александрийската патриаршия над цяла Африка. Затова и започнал да се титулува “патриарх на Африка” вместо само “патриарх на Египет”.
В началото на 20 век значителната имиграция на гърци и православни араби в Египет и други части на Африка довело до нарастване числеността на Патриаршията. През 1907 г. в Египет имало 197 000 гърци, а през 1997 г. те били останали 165 000.
През 1930 г. в Уганда възниква движението за присъединяване на африканците към Православието, ръководено от бившия англиканин Рейбън Спартас. През 1946 г. той бил приет в литургично общение с Александрийската патриаршия, а основаните от него православни общини в Източна Африка се организирали през 1958 г. в Иринополска архиепископия с център в Найроби. Тук служат все повече местни православни клирици. През 1998 г. в Кения има 80 православни свещеници, в Уганда – 22, в Танзания - 11. През ноември 1994 г. Св. Синод на Александрийската патриаршия създава епархия в Уганда и избира нейния пръв митрополит Теодор Нагям. Той е първият чернокож клирик, който става глава на епархия в Александрийската православна църква.
Патриаршията се управлява по правила, създадени през 19 век. Тези правила утвърждават синодална система на управление, за разлика от дотогава съществуващата патриаршеска система на управление. Патриархът се избира както от клириците, така и от миряните. Св. Синод се състои от не по-малко от 7 митрополита, и се събира за заседание не по-рядко от два пъти в годината.