Промени

След падането на земеделския режим започва нов възход и духовен подем в учебно-възпитателното дело на Софийската духовна семинария. Но избухва Втората световна война. От бомбардировките на София пострадват и семинарските сгради. Пансионското имущество е евакуирано в провинцията - в Рилския манастир, с. Елешница, Софийско, гара Черепиш, Врачанско, Петропавловския манастир и в Габровския девически манастир. През лятото на 1944 г. се правят сериозни приготовления за продължаване на занятията в Габрово, като за това съдействат директорът на Априловската гимназия и габровският индустриалец Симов.

След 9 септември 1944 г. учебните занятия се възобновяват едва през декември 1945 г. в сградата на Богословския факултет в София. Част от семинарските класове са временно настанени в гара Черепиш и поставени под администрацията на ректора на Пастиро-богословския институт.

Чак след опразването на семинарските сгради, използвани от XI военна болница, а после и от щаба на Съветската армия, всички класове са събрани и учебните занятия започват през ноември 1947 г. в собствената сграда на Семинарията в София. През септември 1950 г. обаче отново са прекъснати: Софийската духовна семинария се слива с Пловдивската. Обединени под името Софийска духовна семинария, двете духовни училища са преместени на гара Черепиш, защото междувременно с правителствено решение сградите на Софийската духовна семинария са предоставени за Дворец на пионерите и се ползват за такъв чак до 1990 г. Само храмът продължава да функционира като енорийски и затова е отделен от комплекса сгради с желязна ограда и самостоятелен вход. При последното евакуиране от София през есента на 1950 г. част от пансионското имущество, библиотеката и архивът са пренесени набързо в криптата на храм-паметника „Св. Ал. Невски”. Впоследствие всичко оцеляло отива също в гара Черепиш, а негодното е бракувано. Много ценни документи са безвъзвратно загубени. От запазеното голям интерес за сегашните поколения представляват някои протоколни книги на Учителския съвет, както и годишните рапорти на Ректора и на Учителския съвет до Св. Синод. От тях личи стремежът на учителската колегия непрекъснато да се подобрява учебната програма и педагогическата работа, за да се осъществява успешно нравственото, естетическото и църковно-патриотичното възпитание на учениците.